Z hlediska hnití v tom velký rozdíl není. Ale samozřejmě jsou dvě základní skupiny těch bakterií.
Anaerobní bakterie žijí bez přístupu vzduchu a zprostředkovávají hnilobný proces například v septicích.
Aerobní bakterie potřebují kyslík a žijí spíše na povrchu. Při zpracování hmoty jsou díky kyslíku účinnější, proto se kompost prokysličuje. Kdyby tomu nebylo, kompost se s převahou anaerobních bakterií vytvoří také, jen to bude trvat déle. Třeba v čistírnách odpadních vod se používají oba procesy. Ve spodní části nádrže pracují anaerobní bakterie. Horní vrstva je provzdušňována, čímž se podpoří aerobní proces. Kombinace obojího, proces zrychlí a zkvalitní.