Zdravím.
Nejsem odborník, ale podle puchýřů na malbě a výskytu fleků při vyloučení zatečení apod. dle svých zkušeností usuzuji, že v dotyčných místech jsou lokální ložiska omítky s podstatně větším obsahem cementu než obsahuje omítka jinde na stropě a na zdi. Na cementových omítkách se podstatně více sráží vlhkost než na vápenné omítce. V místech s dobrou cirkulací vzduchu by se to pravděpodobně neprojevilo buď vůbec, nebo podstatně méně.
Můžete provést jednoduchou zkoušku k potvrzení nebo vyvrácení mé teorie - zkuste zatlouct malý hřebíček v místech fleků a někde kousek dál, kde fleky nejsou. Rozdíl v odporu omítky při zatloukání poznáte sám. Pokud v místě fleků bude omítka klást větší odpor, je moje teorie pravdivá.
Oprava by spočívala pouze v otlučení omítky v daných místech a nové nahození omítkou s menším množstvím cementu.
Docela by mne zajímal výsledek zkoušky a pokud se vám problém podařilo vyřešit, tak jakým způsobem.