To záleží na spoustě okolností, ale zhruba se dá říct, že

A) pokud budou ty vývojové desky každá zcela jiná a bude se přesazovat jen málokdy, tak je asi lepší tento způsob
B) pokud mají ty vývojové desky nějakou čast stejnou, je lepší ji dát na tu "centrálni", než ji pořád osazovat na všech deskách dokola (například stabilizátor napětí, konektor pro nahrávání programu/čtení dat/jinou komunikaci, nějaký společný senzor (třeba teploty MCU), sadu konfiguračních switchů ...) - dokonce i kdyby se daná věc vyskytovala jen na některých deskách a na jiných ne, ale bylo by dost volných nožiček, tak ji dát na tu "centrálni" a občas nepoužít
C) pokud by se to přesazovalo často, tak určitě dát ten procesor na samostatnou desku a až se opotřebujou kontakty, tak měnit jen kontakty, nikoli procesor s ulámanýma nožičkama

Další věc, co je potřeba uvážit je, jak mít zajištěno, že je v procesoru správný program pro aktuální desku, aby se ti nestalo, že to odpálíš, protože se ti propojí dva výstupy přez něco s malým odporem, nebo že se připojí výstup MCU na výstup čidla (a jeden tam dá 0, druhý 1 a zkrat to přetíží)

Navíc MCU na samostatné desce (případně s nějakým společným vybavením) můžeš snadno vyndat, proměřit a/nebo přeprogramovat, pokud na té desce na to budeš mít šikovně konektory

D) pokud jde o levné MCU, tak je asi ideální je dát do konektorů na příslušné desce/shieldu a nechat je tam nafurt. Při dnešních cenách to může být ve výsledku levnější, než práce se synchronizací programů a případné způsobené škody.