Co se týče boxu na baterii, předpokládám, že se jedná o nějakou těsnou baterii (AGM, GEL), takže nehrozí kontakt s kyselinou.
Z hlediska co nejmenšího zabraného prostoru a spodku nepoškozující dno člunu, bych asi volil tuto možnost.
Navštívil bych nějaké brašnářství (snad to ještě existuje) a nechal ušít na míru baterie povlak, brašnu z pevné kůže, s uchy na přenášení.
Tak by to zabralo nejmenší prostor, povrch by byl bezpečně měkký a umožnilo to snadné přenášení. Potřebnou tuhost by zabezpečilo pouzdro samotné baterie a baterie by byla dostatečně chráněná. Předpokládám, že není požadavek na vodotěsnost, protože pro případ potopení je baterie (např. AGM) vodotěsná sama o sobě a 12V není nijak nebezpečné.
Vzhledem k proudu a potřebě malého úbytku napětí to jen tak nějaká dvoulinka nezvládne. Asi bych k sobě svázal dva svářecí kabely o průřezu 10mm. Tyto kabely jsou docela ohebné a nejsou nijak moc tlusté.
Čerpadélko bych volil přímo na napájení z baterie 12V. Pokud by bylo potřeba časovat, použil bych nějaký časovač jak píše Jan Fiala.
Také, pokud by čerpadlo bylo s komutátorovým motorkem (asi ne s nějakým vibračním systémem), by šlo jeho výkon snížit třeba PVM regulátorem. Napadá mě třeba čerpadlo ostřikovače, ale to je na chvilkový provoz. Ale po snížení výkonu by možná vydrželo trvalý provoz.
Jinak sehnat co nejmenší čerpadlo 12V a případný velký výkon regulovat asi nejlépe časovačem.