Co na něm máš za pasivní chladič? Já že peltiery co znam (z hydrometeorologických stanic), tak na těch je snad kilovej, možná i větší pasiv. Ono mít zapojené takhle a ještě nemít nedostatečnej pasivák je dost o hubu. Pokud peltir "zkratuje", poteče skrze něj max proud, co zdroj dá, díky tomu se větrák nebude točit (všechen proud jde skrze peltier). Článek se zahřívá, větrák se netočí atd... Zaprvé bych doporučil zapojení s dvěma zdroji. Zadruhé bych tam narval pojistku přesně dle proudu, který tam teče, když je vše v normálu.

EDIT: Jinak počítej s tím, že pokud je na jedné straně peltier nedostatečně chlazen, začne v určité teplotě "hřát" i na druhé straně a předpokládám, že pak už to jde dost lavinovitě, prostě se bude hřát čím dál víc a tím se i snižuje účinnost (což zase zvýší zahřívání). Neb je to prakticky polovodič, tak se stoupající teplotou se snižuje vnitřní odpor, což nejspíš zapříčiní to zvýšení proudu a následně zase další a větší zahřívání... Toť jen myšlenka, proč se nejspíš dělo to, co se dělo.