Kdyby to byly fleky způsobené tím že teče kolem komína, bylo by to skoro po celé výšce komínového tělesa.
Jestliže tam byly chlévy je to odtud. Nepíšete, zda jste odizolovali vedle podlah i zdi. Pokud ne, tak to byla chyba. Když se pokládá hydroizolace, musí se položit jak na podlahy tak pod zdivo ( už jsem to tady na poradně někde psal). Jinak se vlhkosti nelze zbavit. Nějaké odvětrávání je k ničemu, navíc v oblasti, jak píšete, kde je vlhčí klima.
Ale pozor, takového typu fleků jako máte se ani podřezáním zdí nezbavíte, vylezou vždy když se na stěnu dostane voda - malování. Prostě při schnutí opět valezou ven.
Podřezat zdi - pokud už máte hydroizolaci na podlaze zalitou betonem tak je to kolosální problém protože už jen tak nespojíte izolaci podlahy a izolaci zdi - a po vysušení stěny bych to obložil( asi nejlepší sádrokarton ).